Stech-wacholder weist eine moderate Toxizität für Menschen, Katzen und Hunde auf, wobei alle Pflanzenteile schädlich sind, wenn sie aufgenommen werden. Zu den giftigen Verbindungen gehören ätherische Öle, Triterpene und Phenole, die Magen-Darm-Beschwerden und schwerwiegendere Reaktionen hervorrufen können. Sofortige tierärztliche Versorgung ist entscheidend bei Haustieren, die Symptome einer Vergiftung wie Erbrechen, Bauchschmerzen und Hautreizungen zeigen.