Kleines Nixenkraut wird normalerweise durch wiederholtes physisches Entfernen kontrolliert - sie kann geharkt oder mechanisch geerntet werden. Wenn Sie gerne in Gebieten Boot fahren, die von dieser Pflanze befallen sind, überprüfen Sie Ihr Boot, bevor Sie in neue Gebiete fahren, und verwenden Sie physische Barrieren um Docks und Badebereiche. Es gibt Herbizide, die zur Kontrolle von Kleines Nixenkraut verwendet werden können, aber ihre Anwendung in aquatischen Umgebungen wird nicht empfohlen, da es sehr schwierig ist, Fische und andere Pflanzenarten nicht zu beeinträchtigen.