Gewöhnliche Wassernuss ist sehr schwer zu kontrollieren. Die Pflanze verbreitet sich durch ihre Blüten und Samen, die sich leicht vom Stiel lösen, flussabwärts treiben und sich an einem neuen Standort etablieren.
Um sie erfolgreich zu kontrollieren, muss die gesamte Pflanze entfernt werden. Bei der Entfernung (manuell, chemisch oder manchmal mechanisch) ist es wichtig, eine versehentliche Ausbreitung zu berücksichtigen, und daher sollte dies nur von einer geschulten Person durchgeführt werden.