Cuando las flores comienzan a ponerse marrones y mueren tras la floración, hay que retirar las flores y las hojas marchitas de inmediato para promover nuevos brotes. Retirar las hojas y las flores marchitas evitará que se caigan en matas densas y se pudran, causando así enfermedades. Al final del periodo de floración, hay que retirar las ramas y brotes que estén amarillas, secas o delgadas. Tras la floración, las begonias tuberosas acumularán todos los nutrientes en el bulbo para el siguiente periodo de crecimiento. Pueden podarse durante el otoño, si es fresco y agradable. Cuando las podes, es mejor retirar los brotes apicales de las ramas laterales largas y retirar uno o dos de los primeros tallos sanos para que surjan más ramas.