Las hojas fuertemente fragantes de albahaca morada son simples, elípticas a oblongas con bordes serrados a enteros. Miden de 4 a 8 cm (1.5 a 3 pulgadas) de longitud y 1.2 cm (0.5 pulgadas) de ancho. Ambos lados de las hojas son pubescentes, con una cubierta densa de pelos cortos, especialmente a lo largo de las venas en la parte inferior. Al triturar las hojas se libera una fragancia almizclada, ligeramente mentolada. Las hojas están dispuestas en pares opuestos, con pares adyacentes posicionados perpendicularmente entre sí.

Las flores de albahaca morada son pequeñas, tubulares y aparecen en colores blancos, rosa pálido o lavanda. Presentan sépalos verdes o púrpuras y están dispuestas en panículas terminales o racimos que miden 4-12 cm (1.6-4.7 pulgadas) de longitud. Cada flor es bilabiada, y pequeños conjuntos de tres flores están dispuestos en pares a lo largo de una inflorescencia racemosa en forma de espiga de 8-10 cm (3.1-3.9 pulgadas) de largo. Estas disposiciones y colores distintivos las hacen fácilmente identificables.

El tallo de albahaca morada es altamente pubescente, presentando pelos densos y suaves que le dan una textura distintivamente vellosa. Es característicamente cuadrado, con cada uno de sus cuatro lados prominentemente acanalados. La coloración varía desde púrpura vibrante a verde, contribuyendo a su apariencia única. Los tallos son relativamente delgados, típicamente midiendo alrededor de 2.5-5 mm (0.1-0.2 pulgadas) de grosor. El patrón de ramificación es opuesto, con tallos que emergen frecuentemente en los nudos a lo largo de su longitud, mejorando el hábito de crecimiento arbustivo de la planta.

El fruto de albahaca morada es una notable composición de cuatro pequeñas nuececillas con una semilla, que miden aproximadamente 0.8-1.2 mm (0.03-0.05 pulgadas) de longitud. Estas nuececillas exhiben un tono único que va del verde púrpura al marrón con una textura que varía de lisa a ligeramente picada. Cada nuececilla elíptica contiene numerosas semillas diminutas, una característica distintiva que ayuda en la identificación de este fruto específico.