Las hojas de tomillo de Prado son de color verde oscuro, a menudo con manchas rojizas a lo largo de los márgenes. Algunos cultivares presentan follaje con bordes dorados o de color crema. Típicamente, las hojas son opuestas, simples y varían de lineales a ovadas en forma. Exhiben un fuerte aroma, son generalmente pequeñas, midiendo alrededor de 0.4 a 1 pulgada (1 a 2.5 cm) de longitud y poseen una textura lisa. Estas hojas son cruciales para la identificación debido a su coloración distintiva y calidad aromática.

Las flores de tomillo de Prado son tubulares, peludas y miden aproximadamente 0.25 pulgadas (0.6 cm) de tamaño. Tienen un tono rosa púrpura y florecen de julio a agosto. La corola es irregular, con el labio superior festoneado y el labio inferior dividido en tres lóbulos. Cuatro estambres se destacan prominentemente de la corola, ayudando en su identificación. Estas características distintivas, incluyendo su color y período de floración, son clave para reconocer las flores de tomillo de Prado.

Los tallos de tomillo de Prado se caracterizan por su color rojizo y están densamente cubiertos de finos pelos. Estos tallos son robustos pero delgados, midiendo típicamente alrededor de 0.1 a 0.2 pulgadas (3 a 5 mm) de diámetro. El patrón de ramificación es algo irregular, con numerosas ramas laterales cortas. La textura de la superficie es algo áspera debido a la presencia de pequeños tricomas, que ayudan a reducir la pérdida de agua y proporcionan un grado de protección contra herbívoros.

El fruto de tomillo de Prado es un esquizocarpo pequeño y seco que, al madurar, se divide en cuatro mericarpos unisemillados. Estos mericarpos son pequeños, a menudo de alrededor de 0.1 pulgadas (2-3 mm) de ancho, con una textura lisa y marrón cuando se secan. Cada cámara del fruto protege una semilla diminuta que generalmente es de forma oblonga. Estas características hacen que el fruto esté bien adaptado para su distribución por el viento o el contacto con animales y humanos.