Bien que le chénopode blanc ne soit pas généralement considéré comme une plante toxique, des concentrations élevées de nitrates, d'oxalates et de sulfates peuvent s'accumuler dans les tiges et les feuilles de la plante. Certaines variétés étant utilisées comme aliment, le problème réside dans la surconsommation, bien que ceux qui ont des calculs rénaux ou une hyperacidité puissent ressentir ses effets toxiques même après une faible dose. Les symptômes d'empoisonnement comprennent l'ataxie, la dépression, la faiblesse et les tremblements. La plupart se rétabliront sans soins médicaux après avoir cessé de consommer la plante, mais ceux qui ont d'autres problèmes de santé devront consulter un médecin.
En raison de la grande quantité de pollen produit par le chénopode blanc , cette plante est également connue pour déclencher des allergies saisonnières.