Le/La muscari à grappes contient certaines saponines qui donnent un goût amer à la plante et qui sont modérément toxiques. On en trouve dans toute la plante, mais sont plus concentrées dans le bulbe, qui représente la majeure partie de la biomasse de la plante. Les saponines de cette plante ne sont pas sérieusement toxiques pour l'humain, car elles sont mal assimilées par son organisme et peuvent être rincées à l'eau ou en changeant l'eau de cuisson. Leur rôle est de protéger la plante des bactéries, des champignons et des attaques d'insectes, il est donc tout à fait compréhensible qu'elles causent des soucis à la santé de l'homme en cas d'ingestion en grande quantité et si la plante n'a pas été lavée à grande eau avant.