Malgré ses propriétés aromatiques souhaitables, armoise commune peut être une plante très envahissante. Elle est indésirable dans les champs agricoles, le long des chemins de fer et des bords de route. Elle est également répertoriée comme une mauvaise herbe agricole commune ou gênante dans les états américains de Caroline du Nord, Caroline du Sud et Géorgie.
Armoise commune est difficile à contrôler car elle se propage efficacement sous terre via des rhizomes, de plus c'est une plante généralement robuste. Ces caractéristiques lui permettent de prendre le contrôle de vastes zones si elle n'est pas contrôlée. Une autre raison pour laquelle elle est considérée comme une mauvaise herbe est qu'elle provoque une toxicité dermatologique chez certains individus sensibles. Dans les régions plus chaudes, elle peut également se propager par les graines.
Contrôler armoise commune manuellement peut être une tâche longue, mais c'est tout de même faisable. Enlever constamment les plantes à la main ou à la machine finira par épuiser toute la plante, y compris les tiges souterraines.