Pommier sauvage présente un risque de toxicité léger pour les humains, principalement par ingestion des graines, des feuilles et des tiges, qui contiennent du cyanure d'hydrogène. Les symptômes comprennent des étourdissements et des maux de tête. Pommier sauvage est modérément toxique pour les chats, provoquant un choc si de grandes quantités sont consommées. Chez les chiens, les feuilles, les brindilles et les graines entraînent des réactions telles que des vomissements et de la diarrhée, bien que la mort soit rare. Évitez l'ingestion accidentelle, en particulier par des animaux de compagnie et des enfants.