Melaleuca cajuputi est généralement un arbre de taille moyenne à grande, atteignant souvent 100 pieds et parfois 200 pieds avec une écorce papyracée grise, brunâtre ou blanchâtre. Les feuilles sont disposées en alternance de 2–6 po de long et 0,3–2 po de large, effilées aux deux extrémités. Les fleurs sont blanches, crème ou jaune verdâtre, principalement en épis denses aux extrémités des branches qui continuent à pousser après la floraison, mais aussi souvent à l'aisselle des feuilles supérieures. Les fruits sont des capsules ligneuses, en forme de coupe, regroupées de manière lâche le long des branches, chaque fruit ayant une longueur de 0,08–0,1.