Il muscari atlantico contiene alcune saponine che gli danno un sapore amaro e possono essere moderatamente tossiche. Le saponine si trovano in tutta la pianta, ma sono concentrate soprattutto nel bulbo (che contiene la maggior parte della biomassa della pianta). Le saponine che si trovano in questa pianta non sono particolarmente dannose per la salute umana perché non vengono ben assorbite dal corpo, e possono essere eliminate sotto l'acqua corrente o cambiando l'acqua quando cucini la pianta. Il ruolo delle saponine è di proteggere la pianta dagli attacchi di batteri, funghi e insetti, quindi è comprensibile che possano creare problemi anche alle persone se vengono ingeriti in grandi quantità e se la pianta non ne viene ripulita prima di mangiarla.