ホーリーバジルの強い香りのある葉は単純で、楕円形から細長い形をしており、縁には鋸歯縁から全縁まで様々です。長さは4〜8 cm（1.5〜3インチ）、幅は1.2 cm（0.5インチ）です。葉の両面は思わしく、特に裏側の葉脈に沿って密集した短毛で覆われています。葉を潰すと、ムスクのような、ややミントの香りが放たれます。葉は対生し、隣接する対が互いに垂直に位置しています。

ホーリーバジルの花は小さく、筒状で、白、淡いピンク、またはラベンダー色です。緑または紫の萼を持ち、長さが4〜12 cm（1.6〜4.7インチ）の頂生の円錐花序または総状花序に配置されます。各花は二唇形で、スパイク状の総状花序に沿って小さな3つの花のクラスターが対になって配置されます。これらの独特な配置と色合いが識別を容易にします。

ホーリーバジルの茎は密集した柔らかい毛で覆われ、特徴的にふわふわとした手触りです。特徴的な四角形をしており、各側面に明瞭な稜があります。色合いは鮮やかな紫から緑まで様々で、その独特な外観を引き立てています。茎は比較的細く、厚さは約2.5〜5 mm（0.1〜0.2インチ）です。分岐パターンは対生で、茎はしばしば結節点で分岐し、植物の茂みのような成長習性を強化します。

ホーリーバジルの果実は、約0.8〜1.2 mm（0.03〜0.05インチ）の長さの、一粒種の小さな堅果4つで構成されています。これらの堅果は紫緑色から茶色の独特な色合いを持ち、滑らかからわずかにざらついた質感を持ちます。各楕円形の堅果には数多くの微細な種子が包まれており、これがこの特定の果実を識別する特徴となっています。