Peperboompje bevat een overvloed aan giftige chemicaliën en is daarom buitengewoon giftig voor mensen en sommige huisdieren. De actieve chemicaliën mezereïne en daphnin, verbindingen (esters) die zich in alle delen van de plant bevinden. De vruchten zijn bijzonder rijk aan die chemicaliën en vormen dus de grootste bedreiging voor mens en dier. Omdat kinderen worden aangetrokken door het verbluffende uiterlijk van de bessen en de geur van de plant, worden ze misleid om er wat van te eten. Eenmaal geconsumeerd, kunnen de bijwerkingen van de chemicaliën binnen een paar uur optreden. Brandwonden en zwelling in de mond, verhoogde speekselvloed en misselijkheid zijn enkele milde symptomen. Ernstigere zijn onder meer braken, verhoogde hartslag, duizeligheid, diarree en ernstige buikpijn.