Zoals veel planten van de nachtschade, is de stekelnachtschade zeer giftig. De toxiciteit is geconcentreerd op de bladeren en vruchten. Het giftige bestanddeel is solanine, dat stuiptrekkingen en de dood kan veroorzaken als het in grote hoeveelheden wordt ingenomen. In bodems met een hoog stikstofgehalte zal de stekelnachtschade ook overtollig nitraat ophopen, waardoor nitraatvergiftiging ontstaat. Omdat de stengels en bladeren van de stekelnachtschade bedekt zijn met scherpe doornen, is de kans dat mensen ze inslikken erg klein. De kans om door contact gestoken te worden is echter erg groot, dus bescherm hem als je naar het veld gaat en draag handschoenen bij het onkruid wieden.