Snoeien van zwart peperboompje stimuleert krachtige groei en behoudt zijn wenselijke vorm. Deze praktijk helpt de grootte te beheersen, verbetert de gezondheid en voorkomt ziekten, waardoor zwart peperboompje gedijt met een opgeruimd uiterlijk.

Winter wordt als optimaal beschouwd voor het snoeien van zwart peperboompje, omdat deze soort tijdens deze periode in rust is. Snoeien tijdens de rustperiode minimaliseert stress op de plant en vermindert het risico op sapverlies, dat meer voor kan komen in de groeiseizoenen. Bovendien biedt het ontbreken van bladeren in de winter een duidelijker beeld van de structuur van de plant, waardoor er preciezere sneden en vormgeving mogelijk zijn. Het verwijderen van dood of ziek hout tijdens deze tijd helpt verspreiding van ziekteverwekkers te voorkomen en bereidt zwart peperboompje voor op krachtige groei in het voorjaar. Verder voorkomt wintersnoei verstoring van de natuurlijke bloeicyclus van de plant, die meestal plaatsvindt in het vroege voorjaar; daardoor zorgt het ervoor dat het snoeiproces niet de komende bloei of vruchtproductie vermindert.