Voorjaarsgentiaan is giftig voor mensen, katten en honden, en kan gastro-intestinale problemen veroorzaken (braken, diarree), hoofdpijn, duizeligheid en lethargie na inname van een deel van de plant. De giftige stoffen zijn seco-iridoïden en xanthonen. Onmiddellijke medische of veterinaire hulp is cruciaal als inname wordt vermoed, om ernstige gezondheidsproblemen te voorkomen.