Stekelige jeneverbes heeft een gematigde toxiciteit voor mensen, katten en honden, waarbij alle delen van de plant schadelijk zijn bij inname. Giftige verbindingen omvatten etherische oliën, triterpenen en fenolen, die leiden tot gastro-intestinale klachten en ernstigere reacties. Onmiddellijke veterinaire zorg is cruciaal voor huisdieren die symptomen van vergiftiging vertonen, zoals braken, buikpijn en huidirritatie.