Hoewel watergentiaan vaak wordt gebruikt als sierwaterplant, staat hij nu op de quarantaine lijst in veel staten en is het illegaal om deze te vervoeren, verkopen, kopen of te verspreiden. Deze plant is moeilijk te verwijderen, dus de beste manier van controle is preventie. Verwijder alle zichtbare planten, modder en puin van je boot en uitrusting voordat je een waterlichaam verlaat en maak alle uitrusting grondig schoon voordat je nieuwe wateren betreedt.
Watergentiaan kan beheerd worden door herhaaldelijke fysieke verwijdering. Aangezien de stengels en zaden gemakkelijk verspreid worden wanneer ze worden verstoord, wordt aangeraden een professional in te huren. Herbiciden worden ook gebruikt en worden vaak gecombineerd met mechanische verwijdering om de beste resultaten te garanderen.