Kleine vogelkers bevat cynanidezuur, wat kan leiden tot cyanidevergiftiging. De giftige delen zijn onder andere zaden, bladeren en stelen, wat symptomen kan veroorzaken zoals braken, hoofdpijn en duizeligheid bij mensen, mogelijk zelfs de dood. Zeer giftig voor katten en honden, met symptomen zoals verwijd pupillen, toevallen, en een abnormale hartslag. Directe veterinaire hulp is nodig als het door huisdieren wordt ingenomen.