Waternoot is zeer moeilijk te beheersen. De plant verspreidt zich doordat zijn bloemen en zaden gemakkelijk loskomen van de stengel, stroomafwaarts drijven en een nieuwe locatie vestigen.
Om het met succes te beheersen, moet de hele plant worden verwijderd. Bij het verwijderen (handmatig, chemisch of soms mechanisch) is het belangrijk om rekening te houden met onbedoelde verspreiding, en dit moet daarom alleen worden uitgevoerd door een getraind persoon.