Zwarte nieswortel is zeer giftig; het rhizoom bevat de hoogste concentratie van toxines. Het consumeren van een kleine hoeveelheid kan misselijkheid, braken en ernstige symptomen veroorzaken zoals hartafwijkingen, krampen, aanvallen en overlijden. Inhalatie veroorzaakt niezen en hoesten, terwijl toepassing op de huid leidt tot dermatitis.

Zwarte nieswortel wordt gebruikt als sierplant vanwege de aantrekkelijke zaaddozen en donkere bloemen. Deze plant is echter zeer giftig bij inname. Reacties variëren, maar in ernstige gevallen kan de dood optreden. Bij aanraking kan het ook de huid irriteren. Hoewel deze plant niet officieel als onkruid wordt beschouwd, kan hij zich door middel van wortelstokken verspreiden en kluiten vormen die andere planten verdringen. Herbiciden zijn gebruikt om ongewenste populaties van zwarte nieswortel te bestrijden, vooral in graascontexten. Er moet voorzichtig worden omgegaan met het handmatig verwijderen van deze plant om direct contact met de huid te vermijden.