Рогульник плавающий очень трудно контролировать. Растение распространяется за счет цветков и семян, легко отрывающихся от стебля и плавающих по течению, что позволяет ему быстро захватывать новые места.
Чтобы успешно контролировать его, необходимо удалять все растение. При удалении (вручную, химически или иногда механически) важно учитывать случайное распространение, поэтому это должны выполнять только обученные специалисты.