Trotz ihrer wünschenswerten aromatischen Eigenschaften kann Beifuß eine sehr unkrautige Pflanze sein. Sie ist in landwirtschaftlichen Feldern, entlang von Eisenbahnen und an Straßenrändern unerwünscht. Sie wird auch als häufiges oder lästiges landwirtschaftliches Unkraut in den US-Bundesstaaten North Carolina, South Carolina und Georgia aufgeführt.
Beifuß ist schwer zu kontrollieren, weil sie sich effizient unterirdisch über Rhizome ausbreitet und generell eine robuste Pflanze ist. Diese Eigenschaften ermöglichen es ihr, große Flächen zu übernehmen, wenn sie nicht kontrolliert wird. Ein weiterer Grund, warum sie als Unkraut gilt, ist, dass sie bei einigen empfindlichen Personen dermatologische Toxizität verursacht. In wärmeren Regionen kann sie sich auch über Samen verbreiten.
Die manuelle Kontrolle von Beifuß kann eine zeitaufwändige Aufgabe sein, aber sie ist dennoch machbar. Das ständige Entfernen der Pflanzen von Hand oder mit Maschinen wird schließlich die gesamte Pflanze, einschließlich der unterirdischen Stängel, erschöpfen.