Bien que nénuphar frangé ait souvent été utilisée comme plante aquatique ornementale, elle est maintenant sur la liste de quarantaine dans de nombreux états et il est illégal de la transporter, la vendre, l'acheter ou la distribuer. Cette plante est difficile à éliminer, donc la meilleure méthode de contrôle est la prévention. Enlevez toutes les plantes visibles, la boue et les débris de votre bateau et de votre équipement avant de quitter une étendue d'eau et nettoyez soigneusement tout l'équipement avant d'entrer dans de nouvelles eaux.
Nénuphar frangé peut être gérée par des enlèvements physiques répétés. Compte tenu du fait que ses tiges et ses graines se propagent facilement lorsqu'elles sont dérangées, il est conseillé de faire appel à un professionnel. Des herbicides sont également utilisés et sont souvent combinés avec un enlèvement mécanique pour assurer les meilleurs résultats.