ヌマヒノキ（沼檜） の葉は、柔らかい緑から青緑色の色合いと明確な樹脂腺で区別されます。成体の標本では、葉は鱗片状で、それぞれ約1/8インチ（3.2 mm）の長さがあります。若い葉は針のような形状をしています。これらの葉は平らで、不規則に重なり合うスプレーに配置されており、尖った先端を持つ密集した房を形成しています。重なり合う性質と樹脂腺がそれらを独特のものにします。これらの重要な特徴は、他の種からの簡単な識別に役立ちます。

ヌマヒノキ（沼檜） の花は明確な性的二形性を示します。雄花は赤黄色で、サイズは約0.1インチ（2.5 mm）で、枝に沿ってクラスターを形成します。雌花は小さく、緑色で、同じく約0.1インチ（2.5 mm）のサイズです。春には成熟して、微かな、土のような香りを放ちます。花弁の配列は最小限で、風媒花粉症に適応しており、ヌマヒノキ（沼檜） の独自の生殖適応を示しています。

ヌマヒノキ（沼檜） の茎は茶色で、円柱または菱形の断面を持つのが特徴です。明確な扇形のスプレーに分岐します。茎は密集した重なり合う葉に覆われており、テクスチャーのある外観を与えます。茎の厚さは変化しますが、一般的にはスプレーと葉の重さを支えるのに十分です。その滑らかさと形の均一性は、これらの茎が識別の際の注目すべき特徴となっています。

ヌマヒノキ（沼檜） の果実は種子を抱える球果で、クラスターを形成します。最初は鮮やかな紫色で現れ、成熟すると濃い茶色になります。各球果の直径は約1/4インチ（6 mm）で、しわの寄った表面に似た独特の、しわ状の質感を持っています。成熟すると、これらの果実は ヌマヒノキ（沼檜） の種子を包み込み、この種の独特な特徴となります。