Zwart peperboompje is giftig voor mensen omdat het de esters daphnin en mezerein bevat. Het wordt niet gebruikt voor menselijke consumptie en komt meestal door onbedoelde consumptie door kinderen, vanwege de aantrekkelijke bessen. Bij inname veroorzaken de gifstoffen zweren of blaarvorming in de mond, slokdarm en maag. Het inslikken van delen van de plant kan pas binnen een paar uur tot bijwerkingen leiden. Mensen die zijn vergiftigd door de zwart peperboompje kunnen een branderig gevoel in de mond en zwelling van de lippen ervaren, gevolgd door verhoogde speekselvloed en slikproblemen. Indien onbehandeld, kunnen de volgende symptomen optreden: - ernstige buikpijn - hoofdpijn - gevoelloosheid - misselijkheid - bloederige diarree