Zwart peperboompje is giftig voor katten, honden en paarden. De gifstoffen vallen allereerst de slijmvliezen van de mond van het dier aan. Consumptie van de bessen, het gebladerte of de schors van de zwart peperboompje veroorzaakt ook gevaarlijke effecten op het maagdarmstelsel van het dier. Inname van de zwart peperboompje veroorzaakt extreme diarree die kan leiden tot extreme uitdroging. Maagzweren en degeneratieve veranderingen in de lever zijn ook vaak voorkomende gevolgen. Hoewel alle delen van de plant giftig zijn, zijn de felgekleurde oranje en rode bessen het meest risicovol. Dit is de reden waarom de zwart peperboompje misschien niet de beste keuze is voor een tuinstruik als u een huisdiereneigenaar bent, aangezien de meest voorkomende gevallen van vergiftiging het gevolg zijn van nieuwsgierige huisdieren die per ongeluk de aantrekkelijke bessen eten.