Alle soorten van het geslacht Senecio zijn giftig als ze worden ingenomen, de schaduwkruiskruid is geen uitzondering. Het bevat alkaloïden die zich na verloop van tijd in het lichaam ophopen en meestal de lever beschadigen, maar ook andere organen. Alle delen van de plant bevatten deze giftige stoffen, en zelfs kleine hoeveelheden ingenomen plantmateriaal kunnen vergiftiging veroorzaken. Symptomen zijn onder meer een doffe pijn in de bovenste delen van de buik, braken, diarree, koorts, geelzucht en pijn in de bovenste maag. Als de vergiftiging chronisch is, kan de schaduwkruiskruid ernstige schade aan interne organen veroorzaken. Gevallen van menselijke vergiftiging zijn echter zeer zeldzaam, aangezien de plant er niet eetbaar of erg aantrekkelijk uitziet.