Het snoeien van waternoot kan een krachtigere groei stimuleren, omdat het dode of overvolle delen verwijdert, waardoor licht en lucht effectiever bij de plant kunnen komen. Het helpt ook om de gewenste vorm te behouden, overgroei te voorkomen en een evenwichtig, aantrekkelijk uiterlijk te garanderen.

De beste seizoenen om waternoot te snoeien zijn de Lente en het Vroege Zomer. Tijdens de Lente is de plant in zijn actieve groeifase, wat het een ideaal moment maakt om te snoeien en vorm te geven omdat de plant zich snel kan herstellen en opnieuw kan groeien. Snoeien in het Vroege Zomer is ook gunstig, aangezien dit samenvalt met de pre-bloei fase, zodat de energie wordt gericht op groei en vruchtontwikkeling in plaats van het behouden van onnodig blad. Het vermijden van snoeien in het Late Zomer en Herfst is cruciaal omdat dit het moment is waarop waternoot zich voorbereidt op de rustperiode, en snoeien kan de natuurlijke levenscyclus van de plant verzwakken en de opslagcapaciteit tijdens de koudere maanden kan verminderen.