Chociaż jest bezpieczny, gdy jest stosowany jako lek w odpowiednich dawkach dla psów i kotów, dziurawiec zwyczajny może być toksyczna, jeśli jest spożywana w nadmiarze. Zwierzęta gospodarskie i konie są szczególnie podatne na jego działanie, a niewielka ilość prowadzi do objawów zatrucia. Wynika to z hiperycyny w kwiatach i liściach – bydło potrzebuje tylko 1% masy ciała lub 4% w przypadku owiec, aby pojawiły się objawy.
U psów i kotów objawy zaczynają się od nadwrażliwości na światło, owrzodzeń skóry, wymiotów, biegunki, przyspieszonego tętna i drgawek. Jeśli zwierzę będzie spożywać roślinę przez dłuższy czas, może doświadczyć uszkodzenia wątroby i raka skóry. Konie i zwierzęta gospodarskie są bardziej dotknięte, a objawy pojawiają się około 5 godzin po spożyciu rośliny. Należą do nich pobudzenie, pocieranie głowy, osłabienie tylnych kończyn i depresja. To pogarsza się, powodując biegunkę, zapalenie skóry i podwyższoną temperaturę ciała.
Jeśli podejrzewasz, że zwierzę zostało zatrute dziurawiec zwyczajny , natychmiast usuń je ze światła słonecznego, umieszczając je w ciemnym miejscu. Zapobiegnie to zbieraniu się nadwrażliwości na światło. Zabiegi są dostępne, gdy zatrucie zostanie wykryte wcześnie, ale ważne jest, aby w przyszłości wszystkie pastwiska były wolne od roślin.