Несмотря на свои желательные ароматические свойства, полынь обыкновенная может быть очень сорным растением. Оно нежелательно на сельскохозяйственных полях, вдоль железных дорог и обочин. Оно также указано как обычный или проблемный сельскохозяйственный сорняк в штатах Северная Каролина, Южная Каролина и Джорджия, США.
Полынь обыкновенная трудно контролировать, потому что оно эффективно распространяется под землей через корневища, плюс это обычно выносливое растение. Эти характеристики позволяют ему захватывать большие площади, если его не контролировать. Ещё одна причина, по которой оно считается сорняком, заключается в том, что оно вызывает дерматологическую токсичность у некоторых восприимчивых людей. В более тёплых регионах оно также может распространяться через семена.
Контролировать полынь обыкновенная вручную может быть времязатратным, но все же возможным. Постоянное удаление растений вручную или механически в конечном итоге истощит всё растение, включая подземные стебли.