Japanischer aprikosenbaum stellt eine geringe Toxizität für Menschen, Katzen und Hunde dar. Alle Pflanzenteile, mit Ausnahme des reifen Fruchtfleisches, sind aufgrund von Amygdalin giftig, das sich in Wasserstoffzyanid umwandelt und Symptome wie Übelkeit und Atembeschwerden verursacht. Sofortige tierärztliche Betreuung ist für Haustiere erforderlich, die Symptome einer Vergiftung durch das Fressen von Japanischer aprikosenbaum Teilen, mit Ausnahme des reifen Fruchtfleisches, zeigen.