Aunque genciana acuátic a menudo se ha utilizado como una planta ornamental acuática, ahora está en la lista de cuarentena en muchos estados y es ilegal transportarla, venderla, comprarla o distribuirla. Esta planta es difícil de eliminar, por lo que el mejor método de control es la prevención. Remueva cualquier planta visible, barro y escombros de su bote y equipo antes de salir de un cuerpo de agua y limpie todo el equipo minuciosamente antes de ingresar a nuevas aguas.
Genciana acuátic se puede manejar con una eliminación física repetida. Considerando que sus tallos y semillas se esparcen fácilmente cuando se alteran, se aconseja contratar a un profesional. También se utilizan herbicidas, y a menudo se combinan con la eliminación mecánica para asegurar los mejores resultados.