In geval van kleinschalige plagen, is de beste manier om de gewoon speenkruid te verwijderen om de gehele plant uit de grond te trekken. Zorg ervoor dat u de bollen ook opgraaft, want de plant plant zich vegetatief voort en zal zich uit de overgebleven bollen of plantendelen blijven verspreiden. Grootschalige aantasting wordt meestal bestreden met chemische bestrijdingsmiddelen. Vermijd het gebruik van herbiciden zoals glyfosaat om de gewoon speenkruid uit te roeien, omdat de plant op natte terreinen groeit, waar de verspreiding en/of uitspoeling van het bestrijdingsmiddel zeer waarschijnlijk is. Hierdoor kan het actieve bestanddeel ook niet-doelsoorten aantasten.