In geval van kleinschalige plagen kan de kruipende boterbloem handmatig worden verwijderd door de gehele plant uit de grond te trekken. Zorg ervoor dat u alle wortels uit de grond haalt, want de plant plant plant zich vegetatief voort en zal zich verder verspreiden uit het resterende plantmateriaal. In het geval dat de kruipende boterbloem zich heeft verspreid naar een groter gebied, wordt geadviseerd om chemische bestrijdingsmiddelen te gebruiken. Vermijd het gebruik van herbiciden, zoals glyfosaat, om de kruipende boterbloem uit te roeien. Deze plant groeit immers op natte terreinen, waar de verspreiding en/of uitspoeling van het bestrijdingsmiddel zeer waarschijnlijk is, waardoor de actieve stof de niet-doelsoorten kan aantasten.